De höga halterna av föroreningar inom EKA-området före saneringen utgjorde ett allvarligt hot mot Bengtsbrohöljen och nedströms liggande vattensystem, inklusive Vänern. Det huvudsakliga problemet var stora mängder kvicksilver och dioxiner. Men även andra tungmetaller såsom bly, koppar och zink fanns i förhöjda koncentrationer på området. Dessutom förekom PAH-föreningar (polyaromatiska kolväten) i marken. Grundvattnet på området var också förorenat med perkloretylen (PCE) och dess nedbrytningsprodukter trikloretylen och vinylklorid.
Före saneringen var föroreningsspridningen från EKA-området under normala förhållanden ca 400g kvicksilver, 6 mg dioxin och 40 kg perkloretylen per år. Under kraftiga vårflöden kan spridningen ha varit betydligt större. Utan en sanering skulle spridningen av föroreningarna till Bengtsbrohöljen ha fortgått under mycket lång tid. Dessutom skulle framtida händelser kunnat orsaka stor miljöpåverkan på Bengtsbrohöljen och vattnen nedströms - exempelvis förändrad mark- och byggnadsanvändning, eftersatt underhåll av mark och byggnader, brand, vägolyckor, ökad vattenföring med ökad erosion i strandområden och högre grundvattenflöde.