I Miljöbalken anges följande skäl till att bilda naturreservat:

• Bevara biologisk mångfald.
• Vårda och bevara värdefulla naturmiljöer.
• Tillgodose behov av områden för friluftslivet. 
• Skydda, återställa eller nyskapa värdefulla naturmiljöer. 
• Skydda, återställa eller nyskapa livsmiljöer för skyddsvärda arter.

Det finns vanligen flera syften för att bilda ett naturreservat, men bevarandet av den biologiska mångfalden och vård och bevarande av värdefulla naturmiljöer är de vanligaste. Naturreservat är dock endast ett av flera sätt för samhället att skydda eller ge stöd åt skötsel av värdefulla miljöer. Utöver reservaten finns nationalparker, biotopskydd, naturvårdsavtal och miljöersättningar inom jordbruket.
 
En viktig del av skyddet och vården av den svenska naturen vilar också på markägarnas frivilliga naturhänsyn och intresse att bibehålla natur- och kulturlandskapet. Naturreservat är ofta den lämpligaste skyddsformen när områden hotas av olika typer av exploatering, när större värdefulla skogsmiljöer hotas av avverkning eller när markägare inte kan bära kostnaderna för skydd och skötsel av särskilt värdefulla miljöer i kulturlandskapet.
 
Flera skäl kan finnas för att tillgodose friluftslivets behov av områden genom naturreservat. Exempel på detta är när nyttjandet för friluftslivet bedöms bli mer omfattande än vad allemansrätten medger, när särskilt viktiga upplevelsevärden behöver tillvaratas eller för att bevara tätortsnära grönområden.

Områden som skyddas till förmån för friluftslivet behöver med andra ord inte alltid ha särskilt höga biologiska skyddsvärden. En målsättning vid reservatsplanering är att prioritera områden med biologiska värden och värden för friluftslivet.
 
Att skydda, återställa eller nyskapa värdefulla naturmiljöer och livsmiljöer för hotade arter är inte enbart en svensk målsättning. Dessa motiv är viktiga i EU:s arbete med att skapa ett nätverk av biologiskt värdefulla europeiska naturområden – Natura 2000. Sverige och övriga medlemsstater har åtagit sig att bevara vissa särskilt skyddsvärda naturtyper och arter. Många av de områden som ska ingå i Natura 2000-nätverket är eller kommer att bli naturreservat. Att skydda värdefulla naturområden är också en viktig princip i Konventionen om biologisk mångfald som Sverige har undertecknat.